董仲舒的《春秋繁露》吸取了戰國以來的陰陽五行思想，建構了一個龐大的宇宙圖式，用以說明他所認識的自然界和人類社會的秩序及其變化規律。在董仲舒的哲學體系中,天是最高範疇。天既是整個宇宙，又是宇宙中一切事物的主宰者。因此，他的宇宙圖式是以天為主，以地、人、陰陽五行為構件構建起來的大廈。具體說來，宇宙是一個有機的結構，天和地是這個結構的輪廓;五行是這個結構的間架;陰陽是運行於這個間架中的兩種勢力。從空間方面看，木居東方，火居南方，金居西方，水居北方，土居中央。這五種勢力，好像是天柱地維，支持着整個宇宙。從時間方面看，五行中的四行，各主一年四時中的一時之氣:木主春氣，火主夏氣，秋主金氣，水主冬氣。這裏也出現了行有五而時僅四的問題。董仲舒解釋說土者，天之股肱也。其德茂美，不可名以一時之事。故五行而四時者，土兼之也：這是說，土就是地，本來是配天的，所以它不限於某一行，而兼主四時。這樣，四時、四方與陰陽五行扭結為一體，表現出宇宙系統的秩序性和穩定性。
《春秋繁露》進一步用陰陽五行來揭示事物發展的動力和次序。在董仲舒看來，事物的發展取決於陰陽的消長，而陰陽消長的原因又在於五行的運轉。他說行者，行也。其行不同，故為之五行。五行者，五官也，比相生而間相勝也。”這裏，官指官能，即功能。五行的運行就是五種功能，其方式是廣比相生而間相勝”。為什麼這麼說?因為五行按其次序為:木、火、土、金、水。它們遞次相生，因此“比相生”。而五行相剋的情況為:金克木，中間隔水;水克火，中間隔木;木克土，中間隔火;火克金，中間隔土；土克水，中間隔金。所以就是“間相勝”了。顯然，五行既是運行方式，又具有生殺功能。正因為五行的相生和相剋，自然界才有四時的代謝。
然而，董仲舒並沒有到此停步，他認為五行關係就是社會倫理的關係。為了為封建的君父尊位以及整個封建等級制度尋到理論依據，董仲舒進一步提出了陽尊陰卑說。他說陽始出，物亦始出；陽方盛，物亦方盛;陽初衰，物亦初衰。物隨陽而出入，數隨陽而終始。”由此就突出丫陽的主導地位，所謂“天數右陽不右陰”，“貴陽而賤陰”。於是，“陽者，君父是也;故人主南面，以陽為位也“丈夫雖賤，皆為陽；婦人雖貴，皆為陰。”如此，封建的三綱，即君為臣綱，父為子綱，夫為妻綱，就是天經地義的了。顯然，董仲舒大量地汲取了陰陽五行家的學說，以構建儒家正統思想的大框架。可以說，陰陽五行家給董仲舒提供了素材，而董仲舒反過來改造和完善了陰陽五行說。當漢武帝接受董仲舒的建議，採取罷黜再家、獨尊儒術的國策時，儒家學說終於爭到了它在思想界的統治地位。這標誌餚統一的中華民族思想文化的形成，而融合了陰陽五行說的新儒家思想體系,從此彩響了中國人民的思想達兩千年之久。
如果說葷仲舒《春秋繁露》中的宇宙圖式，主要是把陰陽五行說同儒家的王道政治統一起來，那麼，差不多在同一時期成熟的中醫學理淪則是屬於自然科學方面的宇宙圖式的代表。
秦漢時期是我國中醫理論的建立時期，《黃帝內經》是其代表著作。《內經》以陰陽(三陰三陽)為宇宙的框架，以人體為主要對象。在《內經》中，宇宙是一個和諧的整體，萬物依陰陽消長和五行轉換而興亡更替;人體也是一個和諧的整體，各種機能按陰陽五行的配置和特性而分別顯現。因此，《內經》用取象比類的方法，把人體各個組織器官、心理和生理現象跟同人類密切的自然事物聯繫起來，納人五行的分類系統中：
由於自然和人都由陰陽五行相互貫通，《內經》將天地萬物與人合為一體，利用天、人之間的某種自然感應，來論證五行系統、經絡系統、藏象系統自身的內部聯繫，以及各個系統彼此之間的聯繫，並且從事物相互間的動態平衡，去把握天人之間的內在聯繫及其系統調節。它的結論是人與天地相參也，與日月相應也。”這種自然感應觀點是《內經》天、地、人相參的宇宙和諧思想的核心。
顯然，人與天地相參--這是秦漢學人殫思竭慮、苦心孤詣地構建各種宇宙圖式時所遵循的共同的出發點。
既然人與天地相參，那麼，這天地自然之氣又是如何運行的呢？《內經》在探討自然界氣的運行規律時，提出了五運六氣學說。
運氣學說認為，每一年都有自己的氣象特點而與其他各年不同。這種年度之間的氣候差異，是由五運和六氣的交互作用所產生，從而構成了一個六十年的循環周期。根據人與天地相應的原則，這自然氣候的變化，自然影響到人體的健康和疾病。正常情況下，人體能按照運氣規律加以調節，跟年氣象類型同步相適應。如果不適應年氣候的異常變化，人體就會發生跟氣候變化特點相關的流行病。比如，“歲木太過，風氣流行，脾土受邪”廣歲火太過，嚴暑流行，肺金受邪”等。五運六氣學說，是古人長期認真觀察自然界氣候變化現象，以及氣候對人體生理、病理方面所產生的影響，逐漸總結出來的一種醫學氣象學說。自然界客觀存在着的氣候變化，以及生物(包括人體在內）對這些變化所產生的相應反應，是運氣學說得以形成的物質基礎。
那麼，如何來描寫和推算自然界氣的運行呢？根據《內經》，五運六氣所產生的不同的年氣象類型，是可以根據天干地支符號所標記的陰陽五行內容，演算出來。下面就要討論這種用來標記和推算宇宙間陰陽五行運行消息的工具一干支符號模型。