佛教界一般將超乎常理、稀奇古怪的事物或現象稱為靈異，佛教徒認為這些都是佛、菩薩所為，或以此昭示佛法無邊。
五彩雲氣兆祥瑞
南北朝時，法門尚未建寺，還僅是一座聖冢時，其處常湧現瑞氣，有時五顏六色的聖光從地下湧出，周流一方，磅礴數里，甚至於通宵更雄，達曙不散，經勘驗方知這原是阿育王供養佛舍利之地。
中宗無緣開塔迎佛骨
唐中宗皇帝曾想開塔迎佛骨，但每欲臨行，總是黃塵敝日，狂風大作，每每作罷，大約不到30年一開的年份。
應瑞改名法門寺
唐文宗時，塔上祥雲繚繞，瑞光流溢，人們以為是瑞兆，一時改法門寺為法雲寺。
洪水獨不淹浴室鐫器
北宋太平興國三年(公元978年)扶風一帶暴雨成災，洪水濤天，毀稼穡、中農舍，而法門寺浴室的各處鐫器卻安然無恙，點滴未沾。
佛舍利重現佛誕日
1987年法門寺發掘夜以繼日，直到四月底全部硬件文物運至扶風縣博物館，並開始了清理保護工作。清理檀香函內四天王函時，大家一致耐心清理，一層又一層，直到次日凌晨一時方打開最後一層包裹千年的包袱結，亮出了金塔。取掉金塔，晶瑩如玉的舍利映現在人們面前，大家欣喜萬分，這時天下甘霖，一如釋迦牟尼佛出生時的天氣。佛教徒說這是佛祖顯靈。
靜一監院琉璃身
法門寺迎接香港寶蓮寺聖一法師一行，在佛龕前由監院靜一法師主持舉行莊嚴的祈禱法事，忽然兩道金光閃現，攝影師立即搶拍，衝出膠捲一看，“人”字形紅光將兩位法師與其他人隔開，而且兩位法師靜一和聖一法師身體上重現了地磚的圖案。佛教界認為兩位法師修行已達到很高的境界，已入佛門，身體往往是透明狀，是為琉璃體。
佛光靈驗
1994年9月29日，法門寺內10萬僧眾誦佛之聲震天動地，在“法門寺佛骨赴泰供奉澄觀和尚升座大雄寶殿開光慶典儀式”即將舉行前夕。各地各單位在鑼鼓嗩吶的歡送下，一批又一批地抬着牌匾、鏡框、澄觀大和尚的半身像等紛入大雄殿。這時突然天現瑞光，在法門寺真身寶塔和博物館珍寶閣之間的天空上突然出現兩層五色光環，有人喊“佛光顯靈”，這時誦經聲、鑼鼓嗩吶聲混作一起，一浪高過一浪。
無獨有偶，1988年11月9日法門寺博物館對外正式開放，法門寺舉行盛大的釋迦牟尼如來真身舍利瞻禮法會，來自世界各地的十萬僧眾雲集法門，參加這一盛典，人們競相瞻禮埋藏地下達1113年的真身和大批唐代珍寶，正如趙朴初會長在開幕式上所說，這是法門寺繼咸通迎佛骨以來又一重大的活動。當天晚上，僧尼兩序在新建的仿明真身寶塔內舉行盛大的禮佛誦經儀式，突然之間，第三枚佛骨的靈光涌騰而起，霏霏上升，在水晶棺上空的17公分處瞬間放光，持續數秒，攝影師拍下了這一千古奇觀。
對此有不同說法：1.佛教徒說是釋迦牟尼大師顯聖人間，標志著末法時代的結束，尊法世紀的到來；2．有人認為許多修行好的人在修法誦經時，同時對準佛骨發功，能量會聚而撞擊上涌，產生髮光現象；3．物理學家說這可能是一次放電現象； 4．搞攝影的人說這可能是閃光燈反射現象。