五行學說為中醫哲學思想五行理論在醫學上的應用，用來解釋人體生理病理，及疾病的病因病機等，為中醫基礎學術理論。
指五行在醫學應用，發展為一種中醫的學術理論。它主要是以五行配五臟為中心：肝木，心火，脾土，肺金，腎水。基本內容：
1、在五臟為中心的基礎上，通過經絡以聯繫全身，說明人體的整體性，並通過自然現象的觀察與醫學實踐聯繫到五方、四時等，說明人與自然界的統一性；
2、用五行的生、克和相侮、相乘等理論以闡述五臟之間的互相依存、互相制約的關係，與陰陽學說貫通一起，可以認識到一些防治疾病的道理。隨着醫藥學的發展，內容有所豐富，觀點也有所更新，故中醫學的五行學說，便與哲學上的五行日趨分離，日漸為臟腑相互關係所更替。這種臟腑相關學說指導臨床診斷與治療，行之有效。
因此醫學上的五行學說與逐步趨向唯心的古代哲學上的五行不同，不能相提並論。但中醫的五行學說也受歷史條件的限制，以五行通套一切，故不免有某些牽強附會，脫離實際的內容。應在醫學實踐和理論研究過程中，批判地繼承。