1、歷史不同。最初基督教只有一個教會，1054年西部、東部教會分裂，以羅馬為中心的西部教會自稱“公教”即天主教，以君士坦丁堡為中心的東部教會稱“正教”即東正教。16世紀，西歐和北歐發生宗教改革運動，從天主教中分離出革新教會，統稱基督新教。
2、教會形式不同。天主教至今仍保留統一的教會，自稱“至聖、至公、至一，從宗徒傳下來的教會”，羅馬教廷為世界天主教中心。東正教原有以居士坦丁為中心的統一教會，隨着東羅馬帝國的滅亡，各國教會不相統屬，但駐在今天土耳其伊斯坦布爾的君士坦丁牧首保留“普世牧首”的稱號。
3、宗教語言不同。天主教以拉丁語為宗教語言，但現在也允許各地以民族語言祈禱。東正教最初以希臘語為宗教語言，但因為現在已不存在統一的東正教會，所以一般用各民族語言。
4、對神職的要求不同。天主教的神職人員不可以結婚。東正教原也如此，但現在已不嚴格。
5、神職的稱謂不同。天主教為教宗（教皇）、樞機主教（紅衣主教）、主教、神父。東正教為牧首、神父。
6、儀式不同。天主教舉行洗禮時採取注水式（往頭上倒水），舉行彌撒成聖體時用無酵餅，神職人員領聖體、聖血，信徒一般只領聖體，祈禱時划聖號以整個手掌在胸前自上而下、自左向右划十字。東正教舉行洗禮時採取浸水式，舉行彌撒成聖體時用發酵餅，神職人員和信徒領聖體、聖血，祈禱時划聖號以3個手指（拇指、食指、中指）在胸前自上而下、從右向左划十字。
7、節日不同。東正教的一些節日與天主教節日大體相同，只是稱呼上有區別。天主教的節日分為四大節日（也稱四大瞻禮，即復活節、聖誕節、聖神降臨節、聖母升天節）、一般節日（如耶穌升天節、主顯節、天主聖三節、預報救主降生節、耶穌聖體聖血節、耶穌聖心節、普世君王節、聖母無染原罪節、天主之母節等等）、聖徒們的紀念日等，最大最重要的節日也是復活節。
8、曆法不同。天主教、基督新教用公曆。東正教用儒略曆。
9、《聖經》的版本不同。東正教對於舊約中的《多俾亞傳》、《友弟德傳》、《瑪加伯傳》（上、下）、《智慧書》、《德訓篇》、《巴路克》認為是次經，不予收錄。天主教則完全採用。故天主教版《聖經》比東正教的《聖經》多7卷。
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