市場上的蛋白質粉有兩類，一類以大豆為原料，另一類以牛奶為原料。兩類蛋白質粉在食用對象、劑量等方面雖有許多共同之處，但在吃法上則有一些差別。以大豆為原料的蛋白質粉，其固有的氣味和口味不能為大多數消費者所接受，如果用其加在其他食品中同吃，不少人會有“吃藥”或難以下咽的感覺。在食用大豆蛋白質粉之前，先到藥房購買空殼膠囊，分裝入“囊”后再吞服。下列注意事項雖然對兩類蛋白質粉都適用，但主要是針對乳清蛋白質粉的。
1. 按推薦攝入量服用。由於各生產廠使用的原料、工藝不完全一樣，故其標籤說明上都有各自推薦的蛋白質粉食用量，服用者不要隨意增量或減量。吃得太少，達不到預期的目的；吃得太多，又會造成浪費或副作用。
2. 不要空腹服用。空腹吃蛋白質粉，蛋白質粉會被作為一般的“產熱食品”消耗掉，浪費了寶貴的優質蛋白質來源。因此，在吃蛋白質粉之前或同時，吃一些其他食品。患者只能吃流質，可將蛋白質粉加入牛奶、豆漿、麥片、麥乳精等食品中一起食用。
3. 吃溫或冷，不吃熱或燙。乳清蛋白質粉含有許多具有特殊生理功能的活性物質，它們都怕熱，一旦受熱，就會失去活性，從而大大降低生物效價。因此，乳清蛋白質粉切不可燒煮和燙食，只能溶（拌）於40℃以下的水、粥、麥乳精等食品中，也可作為冷飲品食用。
4. 加調味品要控制。蛋白質粉可以加入到多種食品中食用，喜歡吃甜的可以加糖，喜歡吃鹹的可以加鹽，但是都不能加得太多。因為過多攝入糖和鹽對人體健康不利。還有，吃蛋白質粉時不要加味精，因為蛋白質粉本身有一定的鮮味，乳清蛋白質粉中的氨基酸組成比例較好，而味精的成分是谷氨酸鈉，它在體內經代謝後分解出谷氨酸，在蛋白質粉中再加味精等於畫蛇添足。
5. 三歲以下的孩子不宜吃。嬰兒的最好營養品是母乳。如果孩子由於各種原因不能吃母乳，應該選擇相應月齡或年齡的配製奶粉，而不應該吃蛋白質粉，因為後者的蛋白質組成並不適合幼齡兒童，也不利於孩子的消化吸收，吃了以後很有可能會引起嘔吐、腹瀉或過敏。
6. 不要與酸性飲料一起吃。蘋果汁等飲料里含有有機酸成分，與蛋白質粉相遇后，會形成凝塊，影響消化吸收。
7. 特殊病人食用前應徵求醫生的意見。蛋白質粉中所含的蛋白質量很高，在體內要經過肝臟分解、再合體自身組織成分，其代謝產物又要經過腎臟從尿液中排出。已有肝臟、腎臟疾病以及其他嚴重疾病的患者，吃了蛋白質粉以後，可能會加重器官的負擔。因此，吃蛋白質粉以前應徵求醫生的意見，再決定可否食用。如果要增加蛋白質粉的食用量，也應聽聽醫生的建議.
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