《繫辭》說：“天下何思何慮？天下同歸而殊途，一致而百慮。”這幾句是解釋《咸》卦九四爻辭“憧憧往來，朋從爾思”的，它透露出《易傳》作者在戰國秦漢之際學術整合大趨勢的特定背景之下試圖彌綸天地之道、包容百家學說的信息。《周易》本身的特點有利於它對各種學說兼收並蓄。《易傳》認為《周易》為一切義理之源，所有的學術都應該在它的視野之中。因此《易傳》在借闡釋卦象宣傳儒家思想的同時，也吸收了道、法、墨、兵各家思想。例如，《易傳》吸收老莊關於陰陽氣化的學說來解釋“道”與“神明”。《繫辭》說：“一陰一陽之謂道”，“陰陽不測之謂神”。《易傳》還吸收老莊關於矛盾雙方向對立面轉化的思想，提倡謙虛而力戒滿盈，以便將變化控制在不發生質變的一定範圍之內。《易傳》提倡天下無道則隱，如《乾文言》在解釋《乾》卦初九爻辭“潛龍勿用”時說：“龍德而隱者也，不易乎世，不成乎名，遁世無悶，不見是而無悶，樂則行之，憂則違之，確乎其不可拔，潛龍也。”這與老莊謙退避世主張及其內虛外順的處世哲學相近。《易傳》也吸收了某些法家觀點，如《蒙》卦初六象辭說：“利用刑人，以正法也。”《噬嗑》彖辭說：“柔得中而上行，雖不當位，利用獄也。”該卦象辭也說：“雷電噬嗑，先王以明罰敕法。”《豐》卦象辭說：“雷電皆至，豐。君子以折獄致刑。”《旅》卦象辭說：“山上有火，旅。君子以明慎用刑，而不留獄。”這些用獄尚刑的思想都與儒家尚德不尚刑的思想明顯不同而接近法家。《繫辭》說：“古之葬者，厚衣之以薪，葬之中野，不封不樹，喪期無數。”這是申述墨家薄葬之義。《師》卦初六象辭說：“師出以律，失律凶也。”這又是在宣傳兵家思想。這些材料表明《易傳》廣采百家之說，絕非儒者一家之言。
《史記》與《易傳》有着共同的學術背景和學術目標，《太史公自序》載司馬談《論六家要指》，以《易傳》殊途同歸百慮一致之說為指導思想：“《易大傳》：‘天下一致而百慮，同歸而殊途。’夫陰陽、儒、墨、名、法、道德，此務為治者也，直所從言之異路，有省不省耳。”他認為諸子百家都是言治之書，雖然各家觀點互相矛盾、分歧乃至對立，但這些歧異只是立論的角度和側重點不同，諸子百家都是為現實和未來政治設計方案，他們在為帝王政治服務的宗旨上是彼此一致的。大家都有一個共同的目的地，只是各家所走的路途不同而已。因此諸子百家是百慮一致、殊途同歸的關係。在司馬談同時或稍前，《淮南子》也有類似的思想表述，但不及司馬談明確。《論六家要指》雖出於司馬談之手，但百慮一致、殊途同歸作為一種思想方法，卻被司馬遷完全繼承下來，並在整合經學、百家學過程中得到最徹底最忠實的實施。
《論六家要指》本來希望百家“同歸”到黃老道家去，但是隨着司馬談由道而儒的思想轉變，“同歸”的目的地就不再是道家，而順理成章地歸向儒家六經。《史記•十二諸侯年表》所開列的《春秋》傳記系列，除了《左氏春秋》、《鐸氏微》及董仲舒著作之外，還有被人們列為儒家的《虞氏春秋》、《孟子》、《荀子》、《公孫固》、雜家的《呂氏春秋》、陰陽家張蒼和法家韓非等人的著作。這就明確地告訴人們：孔子《春秋》是戰國諸子百家的源頭，經學是百家學的大宗，百家之學可以通過不同途徑走向經學的歸宿。“整齊百家雜語”，就是要將立論殊方的百家雜著整合成一個統攝在經學之下的互相協調的學術體系。以這樣寬容、變通、聯繫、整合的思想方法來看待戰國諸子百家之學，司馬遷對諸子百家不是一概排斥全盤否定，而是採取舍短取長、批判地揚棄的態度，公正客觀地分析各家學說的利弊得失。在諸子百家之中，《史記》吸收最多的是道家。《呂太后本紀》、《孝文本紀》、《孝景本紀》、《曹相國世家》、《陳丞相世家》等漢初人物傳記，都毫無保留地讚美漢初以黃老為治所取得的政治實績，肯定道家淸靜無為、以柔克剛、功成身退的思想。“文景之治”與漢武帝多欲政治的對比，更使司馬遷加深了對黃老道家學說價值的認識，《史記》的有些篇章確實含有懷舊的情思。但這並不意味着《史記》的主導思想就是黃老道家，黃老學說的價值是在周秦之間“文敝”的情況下才显示出來，並不是說黃老學說在任何時候、任何情況下都是最好、最高的治國理論。從《史記》記事傾向推測，司馬遷主張在六經旗幟之下酌取道家清靜無為思想，將有為政治控制在不過分勞民的一定范闈之內。如何評價法家是司馬遷無法迴避的重要政治學術問題。漢人因秦王朝嚴刑峻法導致亡國而對法家多持批評態度，司馬遷本人也曾親身領略過酷吏的毒螫。他在《史記•秦始皇本紀》、《商君列傳》、《李斯列傳》、《袁盎晁錯列傳》、《酷吏列傳》等篇章中批評法家的刻薄寡恩、慘無人道，表現出一種發自內心的厭惡之情。但他對法家獎勵耕戰的立國之策、令行禁止的作風、維護統一的立場和治理亂世的作用卻沒有否定。《商君列傳》即如實地記載了商鞅變法給秦國帶來的富國強兵的實效，即使對千夫所指、萬人唾罵的秦王朝，《史記•六國年表》也敢於說“世異變，成功大”。《酷吏列傳》實錄了漢武帝任用酷吏狂捕濫殺的弊端，但《史記•太史公自序》又客觀地指出“民倍本多巧，奸軌弄法，善人不能化，唯一切嚴削為能齊之”，這說明漢武帝任用酷吏實出於不得已。司馬遷還吸收了法家關於法后王、禮因人情而損益等思想觀點，這說明以法家適當補充六經並非絕無可能。陰陽五行學說是漢初廣為各派吸收的顯學，《史記》中的五德終始說、受命改制說、承敝易變說、天降祥瑞說，都來自陰陽學派，陰陽、五行、三統，構成《史記》天人宇宙觀的總體框架。但是《史記》拋棄了陰陽家種種使人“拘而多畏”的禁忌和“教令”，像《禮記•月令》、《呂氏春秋》十二紀所說的按月令行政的模式，尤為《史記》所不取。縱橫家是戰國多元政治的特定產物，由於縱橫家朝秦暮楚、一切以個人利益為指歸的價值取向與中國重綱常倫理、講仁義信用的文化背景背道而馳，因而進入封建社會正常狀態的漢人對亂世的縱橫家多持否定態度。司馬遷在客觀地記載縱橫家不擇手段地獵取卿相富貴的同時，運用經學家的權變概念，突出縱橫家的權謀在統一天下過程中所起到的重大作用，認為“戰國之權變亦有頗可采者”；並從及時立功名的角度，肯定了蘇秦、張儀等大縱橫家從社會底層走向政治頂峰的非凡才能，欣賞他們運亡為存、縱橫捭闔、主宰天下命運的英雄風采。中國早期軍事戰略家在長期的征戰中創造了豐富的軍事理論，這一份珍貴的遺產也為司馬遷所繼承，《史記》以肯定的態度記述了從商周到秦漢一些大軍事家的兵法權謀，保存了中國歷史上許多有名的戰例，採納了兵家的奇正說、兵者詭道說等軍事理論，並創造性地將戰場與商場、兵戰與商戰聯繫起來，從兵家角度論載貨殖活動。墨家在漢代以後基本上退出了政治學術舞台，所以《史記》對墨家的記載和評價比較簡略，大體上還停留在《論六家要指》的水平。對《管子》，《史記》採用了其中的“倉廩實而知禮節說”、人性好利說等理論。司馬遷對賈誼這位漢初最大的思想家也多有汲取，賈誼肯定秦王朝統一天下的功績而批判秦統一之後“仁義不施”，認為“攻守之勢”不同，秦王朝的失誤就在於不能做到“逆取而順守”。《史記》所持的正是這一觀點。其他如賈誼所倡導的削藩說、改制說、天運循環說、禮義教化說、砥礪士節說、崇勢說、審微說、五百大運說等等，均為《史記》所採納。司馬遷以前和同時代的學者都難免於學派門戶爭鬥，而司馬遷則超越了學派之爭，他善於協調眾說以構成一個和諧的文化學術體系。《史記》是學術的淵藪，思想的寶庫，沒有哪一典籍像《史記》那樣，吸收了那麼多的學說觀點，而各種學術觀點之間沒有衝突和矛盾。從這一點說，太史公是《易傳》真正的功臣。