《易傳》所提出的“殊途同歸”說，是司馬遷寫作《史記》的重要指導思想之一。這主要表現在以下幾個方面。
其一，評判各家學說。《太史公自序》收錄了其父《論六家要指》一文。《論六家要指》開宗明義，便引《周易•繫辭傳》文，闡明其總結學術流派的基本原則和評述各家的基本態度。“《易大傳》曰：‘天下一致而百慮，同歸而殊途。’夫陰陽、儒、墨、名、法、道德，此務為治者也，直所從言之異路，有省不省耳。”（《太史公自序》）就是說，百家之學殊途同歸，各有所見，各有所不見.，都是闡發治理天下國家的道理的。其對各家學說的評論，正是在此種思想的指導下進行的。
《論六家要旨》評述各學術流派說：陰陽之術“使人拘而多畏，然其序四時之大順，不可失也”。儒者“博而寡要，勞而少功”，然其“序君臣父子之禮，列夫婦長幼之別，雖百家弗能易也”。墨者“儉而難遵”，然其“強本節用”，乃“人給家足之道”，“雖百家弗能廢也”。法家“不別親疏，不殊貴賤，一斷於法”，“嚴而少恩”，“不可長用”，然其“正君臣上下之分，不可改矣”。名家“使人儉而善失真”，然其“控名責實，參伍不失，此不可不察也”。這些評論清楚地表明，司馬談、司馬遷父子對各學術流派的思想觀點，既不全面肯定，也不全盤否定，而是對其有所分析，有所批評，認為各有可取之處。所以他們強調說：“不可失也”，“不可易也”，“不可廢也”，“不可改也”，“不可不察也”。司馬氏肯定各家學說都有其獨特的價值，並專門寫了《孔子世家》、《仲尼弟子列傳》、《孟子荀卿列傳》、《老子韓非列傳》、《孫子吳起列傳》、《商君列傳》、《屈原賈生列傳》和《儒林傳》等，在史學史上，第一次為先秦漢初思想家寫了傳記，對百家之學作了比較中肯的評述。
司馬談“習道論於黃子”（《太史公自序》），司馬遷“論大道則先黃老而後六經他們推崇道家，尤其是道家黃老之學，並依道家觀點批評了儒家。所以《論六家要指》將道家學說作為重點，以超出各家兩倍乃至四倍的篇幅進行論述。其《老子韓非列傳》乂總結說：“皆原於道德之意，而老子深遠矣。”但也並非一味讚揚：“道家無為，又曰無不為，其實易行，其辭難知。”（《太史公自序》）認為道家的學說理論幽深微妙，令人難以知曉。其《老子列傳》也有類似的評論：“老子所貴道，虛無，因應變化於無為，故著書辭稱微妙難知。”這說明，司馬氏父子雖然尊崇道家，但也抱有一種分析的態度。
司馬遷批評儒者“博而寡要，勞而少功”，“其事難盡從”，但又極力推崇孔子為聖人。其《孔子世家》“太史公贊曰”：“孔子布衣，傳十餘世，學者宗之。白天子王侯，中國言《六藝》者折中於夫子，可謂至聖矣!”《太史公自序》也說：“幽厲之後，王道缺，禮樂衰，孔子修舊起廢，論《詩》《書》，作《春秋》，則學者至今則之。”全國上下，凡談論六經的，無不以孔子所說為定論；孔子的學說和思想一直為學人所推崇和遵循。他不愧為一個偉大的學者，所以說：“可謂至聖。”其他思想家列傳也無不充滿着此種批判精神與科學態度。
司馬氏這種治學態度，深深地影響了劉向劉歆父子和班彪班固父子。《漢書•藝文志》雲：諸子之學，“其言雖殊，辟猶水火，相滅亦相生也。仁之與義，敬之與和，相反而皆成也。《易》曰：天下同歸而殊途，一致而百慮。今異家者各推所長，窮知究慮，以明其指，雖有蔽短，合其要歸，亦《六經》之支與流裔。……若能修六藝之術，而觀此九家之言，舍短取長，則可以通萬方之略矣。”肯定百家之學各有其長，各有其短，各有功用，不可廢除。這與司馬遷對各流派所持的評判態度是完全一致的。並進而提出了舍短取長及諸子相反相成說。所不同的是，司馬氏推崇道家黃老之學，而劉氏、班氏則推尊儒家和經學。
其二，評述儒家六藝，前文曾引《滑稽列傳》說：“孔子曰：六藝於治一也。《禮》以節人，《樂》以發和，《書》以道事，《詩》以達意，《易》以神化，《春秋》以道義。”六藝之文雖各有其主旨，但其“於治則一也”。《司馬相如列傳》也說：“太史公曰：《春秋》推見至隱，《易》本隱之以顯，《大雅》言王公大人而德逮黎遮，《小雅》譏小己之得失，其流及上。所以言雖外殊，其合德一也。……”此雲“言雖外殊，其合德則一”，全然是《繫辭》文“同歸而殊途，一致而百慮”的變相。《太史公自序》評述六藝說：“夫《春秋》，上明三王之道，下辨人事之紀，別嫌疑，明是非，定猶豫，善善惡惡，賢賢賤不肖，存亡國，繼絕世，補敝起廢，王道之大者也。《易》著天地陰陽四時五行，故長於變。《禮》經紀人倫，故長於行。《書》記先王之事，故長於政。《詩》記山川溪谷禽獸草木牝牡雌雄，故長於風。《樂》樂所以立，故長於和。《春秋》辨是非，故長於治人。……故《春秋》者，禮義之大宗也。夫禮禁未然之前，法施已然之後；法之所為用者易見，而禮之所為禁者難知。”這大概就是所謂“雖百家不能易”的道理所在吧。
其三，總結歷代王侯治世之道。《高祖功臣侯者年表》雲：“居令之世，志古之道，所以自鏡也，未必盡同。帝王者各殊體而異務，要以成功為統紀，豈可緄乎？觀其所以得尊寵及所以廢辱，亦當世得失之林也，何必舊聞？於是謹其終始，表其文，頗有所不盡本末；著其明，疑者闕之。”帝王之道各殊體而異務，“未必盡同”，但要其旨歸，皆“以成功為統紀”。所以，司馬遷撰作《史記》，均有所採納和吸收。
也正是在《易傳》“天下同歸而殊途，一致而百慮”思想的指導下，司馬遷“網羅天下放失舊聞”，“厥協《六經》異傳，整齊百家雜語”（《太史公自序》），“考信於六藝”（《伯夷列傳》），從而成就了《史記》的“一家之言”。