第一，五行模型是思維模型，而不是物質模型。
“模型”一詞，起源於拉丁文Modulus,原意是樣本、尺度、標準。科學意義上的“模型”是人們按照某種特定的目的而對認識對象所作的一種簡化的描述，用物質或思維的形式對原型進行模擬而形成的特定樣態。模型可分為物質模型與思維模型兩大類。通過模_來揭示原型的形態、特徵和本質的方法稱為模型法。
物質模型是以某種程度、形式相似的模型實體去再現原型，它既可以是人工構造的（如地球儀、船模），也可以是從自然界獲取的（如動物、植物標本）。物質模型是模擬實驗賴以進行的物質手段。
思維模型不是認識的物質手段而是客體在人們思想中理想化、純化的映象、摹寫。思維模型是人們在頭腦中創造出來的並且運用它在思維中進行邏輯推理、數學演算和“思想實驗”，可分為形象的（唯象的）模型和符號的（標誌性的）模型，前者是以理想的或想象的形態去近似地反映客體的一種思想形式，後者是藉助於專門的符號、線條等，並按一定的形式組合起來去描述客體的一種形式。
五行是一種典型的思維模型，五行模型是中國傳統思維模型的最基本形式，它與陰陽、干支以及卦爻、河洛的配合互補，即組成了中國傳統思維模沏的代表一象數思維模型。
第二、五行表示的是關係實在、功能實在，而不是物質實體、形態實體。
雖然“五行”最早指“五材”，是五種物質實體，但當它一旦成為一種思維模型，一旦成為一個重要的哲學範疇，並運用於中醫及中國古代各門學科，它就不再是五種物質，不再是五種有形態結構的實體，而是變成了一種表達關係、功能的實在。用中聞傳統術語說，“五行”已不再是“器”或“體”，而是“氣”或“象”。
多數學者都以為“五行”（或“氣”）是物質與功能的合一體，如李約瑟（J.Needham,1900-1995)解釋：用“要素”或“元素”（Element)這種名稱來解說“行”字，我們總會覺得它於義不足。“行”字的來源……就有“運動”的涵義。如陳夢家所說，五“行”是五種強大力童的不停循環的運動，而不是消極無動性的基本（主要的）物質。
龐朴認為“行”，即取其四通八達的名稱意義，也取其流行、行用、行進的動詞意義；兩者兼而有之，遂由之更生髮出一種全新的世界觀來。
我認為，五行作為一種模型被中醫廣泛運用時，已不含有“元素”、“要素”的名詞意義，也不是流行、運動的動詞意義，它與“氣”一樣，作為一種模型，已不是教科書上所謂的物質與功能雙重意義。從物質實體過渡到關係實在、功能實在，是“五行”、“氣”的基本特性。
就“五行”與“氣”的關係而言，“五行”是“氣”的五種表現形式，“氣”是“五行”的本質和基礎。就“五行”與“陰陽”關係而言，並不是人們所認為的五行是“三”、陰陽是“二”，“二”與“三”不是一個體系。我認為，雖然“五行”與“陰陽”的來源不同，但作為一種思維方式，兩者卻是相通的。“三”是一種中間狀態、中間關係。五行是兩對陰陽加上中土，而中央土的最大功能就是協調兩對陰陽的關係。加上中土使得“陰陽”模型一下予成為一個動態的“生命”模塑。這兩對陰陽就是：水（陰）與火（陽）、木（陽）與金（陰）。而“陰陽”並不是簡單的“二”，因為“陰陽”學說的核心是“陰”與“陽”的關係（互根、互換、互動、互變……），這種關係實際上就是“三”。因此，我們可以說，五行和陰陽都是在展現陰陽“二”的動態關係“三”，“陰陽”和“五行”並不是毫不相干的兩個體系。
“五行”是“二”與“三”的巧妙相合。《老子》說：“道生一、一生二、二生三、三生萬物。萬物負陰而抱陽，沖氣以為和。”“一”為太極，“二”為陰陽，“三”就是“沖氣”，就是“和”，也就是陰陽的關係、五行的中“土”。“陰陽”只有發生關係、只有相“和”才能“生萬物”。“三”對中國文化、中聞科技的影響是至為深遠的，中醫的三陰三陽、六氣、六腑、十二經絡；天文曆法中的三垣、十二次、十二辰、十二建除、二十四節氣（每季三個月共六節氣）；音律學中的五聲、十二律、三分損益法……可以說都是對“三”的運用，是“三”觀念的體現。五行的基數正是“三”，五行除了分類的功用外，更重要的就是闡釋“三”，就是建構宇宙萬物的關係網。“五行”“三”是“陰陽”“二”的合理髮展。