在當代學術界，總是把陰陽五行說成是五種物質，陰陽五行是中國古代樸素的唯物論和自發的辯證法思想的體現。它認為世界是物質的，物質世界是在陰陽兩氣的作用推動下滋生、發展和變化，認為木、火、土、金、水五種最基本的物質是構成世界不可缺少的元素。這五種物質相互滋生、相互制約，處於不斷的運動變化之中。
有不少學者從系統論研究五行，認為自然界的循環(周期）運動突出表現為空間的五方結構、時間的五季結構、植物的五化循環，這三種循環運動都是在五行模式規範下建構的。五行是一個描述自然循環運動或周期運動、維持動態平衡的多體穩定系統。五行具有普遍的意義，世界上任何一種事物運動的循環周期必然相應地分成五個階段，每一事物內部都必然具有與五行運動相適應的五行結構。五行體現了自然界事物相互聯繫的樸素系統觀念。五行之間的生克、勝復機制維持五行系統的動態平衡，五行系統中任何兩行之間都存在着相生相剋關係，所以是不平衡的，從而處於運動之中，但五行中的每一行既被生又生它、既被克又克它，所以從整體來說是平衡的，這種平衡是一種動態平衡。五行的“五”是一個奇素數。奇素數基本單位所構成的多體結構是有極性的、左右對稱的穩定系統，因而五行結構是有極性的、多體穩定系統。
有學者認為五行是一種嚴密的高級邏輯聯繫。五行表達了層次極高的邏輯一五值邏輯。五行生克關係表達的是一種事物同與之有關的其他四種事物之間發生的直接聯繫。表明五值邏輯是一種4維時空結構。五行以“我”為中心，有：生我者、克我者、我生者、我克者四種關係，可用四面體把這種關係表示出來，在四面體中任何一行都可與其他四行無交叉發生直接聯繫而無需中介。
由五行可以說明河圖洛書數的構成，將五行結構數的四面體各點向三維垂面投影，發現正視圖和側視圖就是河圖洛書。五行四面體結構是一種左旋結構，與它對稱的五行四面體結構是一種右旋結構。從幾何構形看，兩個五行四面體結合在一起即構成一個六面體，六面體的八個頂點（八卦）即是兩個四面體的八個頂點，五行四面體是太玄六面體的結構單位，四面體和六面體一樣都是三維時空的結構模型。
我認為“五行”從本質上說，只是古人認識宇宙生命的一種思維模型，五行不僅是宇宙生命的構成要素，而且是宇宙生命的分類原則；不僅是宇宙生命的動態功能，而且是宇宙生命運行關係。五行就是“氣”的演化模型，就是時間與空間合一的理論模型。
當代學者從“老三論”、“新三論”角度研究五行，試圖找出五行的科學性，運用科學術語對五行作新的解釋，這對於現代人和西方人理解五行學說的確起到了积極作用。然而，這些詮釋不過是一種語言轉換或翻譯而已，較少或沒有真正揭示五行模型的本質，至於將四面體內五行作數的規定也缺乏合理的依據，且犯了以因代果、循環論證的毛病。
宇宙生命問題是“複雜性”問題，除了線性現象外，還有大世非線性現象，古人企圖用簡單的五行模型來描述生命的複雜性關係和非線性現象。五行的宇宙生命關係網是通過五行之間的生克、乘侮、勝復、制化編織而成的。五行生克反映宇宙生命運行的相互生髮和制約關係，乘侮反映宇宙生命體內部的非平衡關係，勝復則反映這種非平衡狀態下的一種自我復救的關係，亢害承製反映的不僅是兩“行”之間而且是多行之間的生化制化關係，如此則構成一幅環環相連、立體、多維的宇宙生命關係網。
值得指出的是，五行模型固然在解說生命、宇宙方面有合理的內涵，然而一切模型都含有非理性的因素。作為古代的一種思維模塑，在認識宇宙生命時，往往有很多非理性的、机械的照搬和推想，從而與原型產生一定的距離，因此如何發展或突破這種思維模型就成為中醫如何發展的關鍵所在。