天人合一
中國古代學術無不以“究天人之際”為其宗旨，《周易》提出併為《內經》繼承和發展了的太極一元論，正是華夏思維方式中天人合一整體思維的體現。《周易·繫辭傳》說：“易有太極，是生兩儀，兩儀生四象，四象生八卦。八卦定吉凶，吉凶生大業。”這裏既是追溯八卦產生的源頭，同時也闡明了《周易》作者的宇宙發生論。這一原初的太極，是“廣大悉備，有天道焉，有人道焉，有地道焉”的多樣世界的最終根源。也就是說，天人原本就是一個整體，伏羲能畫出八卦來，正是遵循了這一太極一元論。他“仰則觀象於天，俯則觀法於地，觀鳥獸之文與地之宜，近取諸身，遠取諸物，於是始作八卦，以通神明之德，以類萬物之情。”（《繫辭傳》）正因為這樣，《易》才能“與天地准”，才能“彌綸天地之道”。
《內經》繼承了《周易》天人合一的整體觀，把人體看成是自然界的一部分。因而在觀察人體的生理病理變化時，主張不能僅僅孤立地着眼於人的肌體本身，而應看到人與自然界存在着的有機聯繫。《內經》說：“夫道者，上知天文，下知地理，中知人事。”（《素問·氣交變大論》）也就是說，只有象《周易》所闡明的把天道、地道、人道相互結合起來，進行綜合觀察，才能正確地把握醫道。
由於《內經》體現了天人合一的整體觀，因而特彆強調天時物候的變化對人體生理病理的影響。並一再指出，要想正確把握人體病情的變化，必須首先做到“因天之序，盛虛之時，移光定位，正立而待之。”（《素問·八正神明論》）把正確掌握日月星辰、季節氣候的變化，看作是正確把握人體生理病變的前提條件。這一思維方法，正是與《周易·繫辭傳頌提出的伏羲經過仰觀俯察、近取遠取以畫八卦的方法一脈相承的。乍看起來，考察人的肌體的病變，不是首先去考察人的肌體本身，而是強調要首先掌握季節氣候的天時變化，這好像有點“迂遠而闊於事情”，其實不然，中國傳統醫學中的天人合一思想，與古代陰陽家學派中某些人提倡的神秘主義的天人感應論不同。前者是在長期的醫療實踐中，認識到人的肌體與天時氣候的變化密切相關。天時氣候的反常和交互影響，會引起人的肌體的適應性的變化，因而常會因此引起各種病變。這種變化乍看難以捉摸，但又是有規律可循的。這是中國傳統醫學中自發的唯物論觀點和樸素的辯證法思想。它使中國傳統醫學一開始就避免了那種頭疼醫頭、腳痛醫腳的片面的机械的方法。而神秘主義的天人合一思想，雖然也重視自然界和人事之間的聯繫，但它只是從二者之間的某些偶然聯繫着眼，並進一步誇大這種聯繫，對天人關係作神秘主義解釋。因而，最後必然要導致鬼神迷信的唯心主義方面去。《內經》強調用的“候日月、星辰、四時、八正”來考察人體生理病理的方法，不但正確繼承和發展了《周易》強調的天人合一整體觀的积極方面，而且還奠定了中國古代醫療氣象學的基礎，作為指導臨床辨證論治的重要參考依據，體現了中國傳統醫學“法天則地，合以天光”的獨特風格。
世界統一於“氣”，“氣”是構成世界最基本的元素，自然界包括人的肌體的演化，最終都是由氣的變化決定的。這種氣一元論的思想又從另一個方面體現了《周易》和《內經》以及後來易學和醫學的天人合一的整體觀。氣一元論作為世界觀很早就在我國古代哲學、人文、科技各個領域中廣泛流行。西周末年伯陽父就曾經用陰陽二氣的變化來解釋地震災害發生的原因，後來春秋末年的老子、戰國中期的稷下道家以至戰國末年的荀子，都對氣化論有過論述。《周易》古經的卦交辭中雖然沒有提到氣，但在成書於戰國時期的《易傳沖就多處用氣化思想來解釋《易經》卦爻的變化，並體現出了氣一元論的思想。在成書較早的《說卦傳》中，作者在解釋“艮和“兌”這兩卦的關係時，就提出了“山澤通氣”的觀點。《文言傳》在解釋《乾》卦初九辭的“潛龍勿用”時，把“龍”解釋成“陽氣”。認為“潛龍勿用”，就象徵著“陽氣潛藏”的最初階段。接着在解釋九五爻辭的“飛龍在天，利見大人”時，又指出這是“同聲相應，同氣相求”的象徵。《象傳》在解釋《成卦》卦辭“亨，利貞，取女吉”時，認為《咸卦》的卦象是《艮》下《兌》上，象徵男女的結合，可以說是“二氣感應以相與”。這裏甚至把男女的結合，也說成是陰陽二氣的互相感應。《繫辭傳》更明確的指出，“精氣為物，遊魂為變”，把人的生死也看成是氣化的結果。由於《周易》的特殊的歷史地位，其氣化論對後世包括對中國的傳統醫學影響較大。