根據古今圖書集成記載，奇門遁甲起源於四千六百多年前，軒轅黃帝大戰蚩尤之時；當時我們的祖先黃帝和蚩尤在涿鹿展開一前所未有的場大戰，蚩尤身高七尺，鐵頭銅身刀槍不入，而且會呼風喚雨；在戰場上製造迷霧，使得黃帝的部隊迷失方向。
有一天晚上，三更半夜大家都在睡覺的時候，忽然，軒轅丘上傳來驚天動地的聲音以及非常強烈的光芒，驚醒了黃帝及眾人。於是大家匆匆忙忙的起床，跑過去一看，原來是有一支彩虹自天空中緩緩下降；從中走出一位全身大放光明的仙女，仙女手上捧這一個長九寸闊八寸的玉匣，黃帝接過來打開一看，裏面有一本天篆文冊龍甲神章；黃帝根據書裏面的記載製造指南車終於打敗了蚩尤。龍甲神章除了記載兵器的打造方法之外，還記載了很多行軍打仗遣兵調將的兵法。於是黃帝要他的宰相風后把龍甲神章演繹成兵法十三章，孤虛法十二章，奇門遁甲一千零八十局。後來經過周朝姜太公，漢代黃石老人，再傳給張良，張良把它精簡之後變成現在我們看到的奇門遁甲。
一、乾宮
六乙到乾，名為玉兔入天門，吉。（注意理解：甲乙屬木，陰陽不同，所以乙是甲的妹妹。乙庚合，抱住庚（白虎）保護甲。）
六丙到乾，名為天成天權，凶。
六丁到乾，名為火到天門，吉。
二、坎宮
六乙到坎，名為玉兔投泉，吉。
六丙到坎，名為丙火燒壬，吉，主勝。
六丁到坎，名為朱雀投江，吉。
三、艮宮
六乙到艮，名為玉兔步貴宮，吉。
六丙到艮，名為鳳入丹山，吉。
六丁到艮，名為玉女乘雲，吉。
四、震宮
六乙到震，名為日出扶桑，吉。
六丙到震，名為月入雷門，吉。
六丁到震，名為最明，吉。
五、巽宮
六乙到巽，名為玉兔乘風，吉。
六丙到巽，名為火起風行，以為神龍助威，吉。
六丁到巽，名為美女留神，吉。
六、離宮
六乙到離，名為玉兔當陽，吉。
六丙到離，名為月照端門，吉。
六丁到離，名為乘龍萬里，吉。
七、坤宮
六乙到坤，名為玉兔入坤中，吉。
六丙到坤，名為子居母舍，吉。
六丁到坤，名為玉女游地戶，吉。
八、兌宮
六乙到兌，名為玉女受制，平平。
六丙到兌，名為鳳凰折翅，凶。
六丁到兌，平平。
九字訣
抱朴子曰，入山宜知六甲秘祝，
祝曰：臨兵斗者皆數組前行，
凡此九字長念之，無所不避。
◎奇門九字訣用法：
口中常念此九字，可以趨吉避凶，運氣不好可以轉運。
如出門在外，上車前，搭船前，念此九字，亦可保平安。
在外住宿若怕房間不乾凈，念此九字，諸邪不侵，可保一夜安眠到天亮。
臨、兵、斗、者、皆、陣、列、前、行
九字真言，又名奧義九字，分別為：臨、兵、斗、者、皆、陣、列、前、行 九字，往往也有人將陣做陳字，大概是被兩者的繁寫體搞混的緣故，與之相對應的九個手印（說是九個，其實不過是個虛名，可以從中化出恆河沙數的手印來，又名奧義九字切，括號內是異譯法）分別為：不動根本印（獨佔印、普賢三昧印）、大金剛輪印、外獅子印、內獅子印、外縛印、內縛印、智拳印（知券印）、日輪印和寶瓶印（隱形印）。
臨
身心穩定
表示臨事不動容，保持不動不惑的意志，表現堅強的體魄。
結合天地靈力------降三世三昧耶會
手印：獨鈷印
咒語：金剛薩埵心咒
兵
能量
表示延壽和返童的生命力。
行動快速如鏢------降三世羯摩會
手印：大金剛輪印
咒語：降三世明王心咒
斗
宇宙共鳴
勇猛果敢，遭遇困難反湧出鬥志的表現。
統合一切困難------理趣會
手印：外獅子印
咒語：金剛薩埵法身咒
者
復原
表現自由支配自己軀體和別人軀體的力量。
萬物之靈力，任我接洽----- 一印會
手印：內獅子印
咒語：金剛薩埵降魔咒
皆
危機感應
表現知人心、操運人心的能力。
解開一切困擾------四印會
手印：外縛印
咒語：金剛薩埵普賢法身咒
陣
心電感應/隱身
表示集富庶與敬愛於一身的能力。
透視、洞察敵人心理------供養會
手印：內縛印
咒語：蓮花生大士六道金剛咒
列
時空控制
表示救濟他人的心。
分裂一切阻礙自己的障礙------微細會
手印：智拳印
咒語：大日如來心咒
前
五元素控制
表示更能自由自在地運用超能力。
使萬物均為平齊------三昧耶會
手印：日輪印
咒語：大日如來心咒
行
光明/佛心
表示佛境，即超人的境界。
我心即禪，萬化冥合------根本成身會
手印：寶瓶印（或隱形印）
咒語：摩利支天心咒
備註：此九字之道全在於己心所想。但此九字箴言與密宗黃教的諸多手印又是息息相關，並且在東南亞等地巫術里也可見此九字延伸出的含義，可見此九字作用之廣泛與非比尋常。