1、六朝前的古本
據《四庫全書·總目提要》記載，《靈棋經》有二卷，或出自漢張良，本於圯上老人黃石公所授，後由東方朔傳其術，故舊題為東方朔撰。當然也有說是淮南王劉安所撰。大抵《靈棋經》在道家系統里為一本重要經典。
根據四庫館臣的考證，該書自六朝以前已有流傳。《南史》有載“客從南來，遺我良材；寶貨珠璣，金碗玉杯。”該爻辭即引自《靈棋經》第37卦象詞。可見《靈棋經》一書，由來已久，並非近代術士杜撰。
2、劉伯溫作注
《靈棋經》歷經多朝，內容不斷豐富，體例十分完備。全書有卦序、卦辭、卦象、卦解。卦解有晉顏幼明注、宋何承天注、元陳師凱注和明劉基注。其中以劉基的註解最為雅緻。“青田一注，獨為馴雅，或實基所自作亦未可知。”《四庫全書》編撰者傾向於劉基自作，並明斷劉基註解文辭尤佳。這也是《靈棋經》為人重視的原因之一。
劉基所作《靈棋經序》收錄於《誠意伯文集》中，其序曰：“喜其占之驗而病解之者不能盡作者之旨，故為伸其意而為之言”，清晰地交代了劉基為《靈棋經》作注的兩大原因：一為靈驗，二為原注不能盡其旨意。此序落款為“辛丑歲夏五月”，即公元1361年6月，此時的劉基已在禮賢館，成為朱元璋的重要謀士。
3、會預測的棋子
相傳漢武帝時，東方朔就藉助此書之力，每次射覆都是“奇中”，靈驗非常。由此後人也都秘密珍藏。由漢至唐，雖有傳承，但無資料可證，其靈驗如何，也就無法得知。
但據唐朝尚書司門員外李遠在會昌九年（公元849年）所作的《靈棋經·序》記載，這本經書還真非浪得虛名。李遠說，開成（唐文宗年號，836-840）末年他去福建建溪之前從宗兄李安處得到《靈棋經》，之後每有卜疑，“無不若目視”。其靈驗之神，讓他嘖嘖稱奇。
明代的汪誥（湖北荊州人，舊名南郡）在成化三年（1467年）為《靈棋經》作的跋文中，再次體認了靈棋的神異。他說“凡破疑決事，占之每驗”，又說巡撫四川時，“討賊平蠻，占之尤驗”，甚至不無感慨地說“信乎有神以主之”，“靈異大昭”。
之後的太保武定侯郭勛從童年起就以靈棋為課，驗證休咎吉凶。據他正德十年（1516年）所寫跋文所載，其本人每有疑惑，“卜之於前，應之於後”，屢試不爽。至於“地方每有警報”，更是“屢占屢應，驗如影響”。
大約靈棋一課，心誠則休咎有徵、吉凶能應。凡行兵制勝，為國為民，建功立業，必是“無不應者”。
4、象易而作，三經四緯
劉基《靈棋經·序》說：“《易》道奧而難知，故作靈棋以象之”，又說“《靈棋》象《易》而作，非精於《易》者不能也。”大抵《靈棋經》受《易經》影響啟發而成“三經”“四緯”。棋分上中下，象天地人、君臣民，此為“三經”。一為少陽、二為少陰、三為太陽、四為太陰，此為“四緯”。《靈棋經》125卦，即由此演出，按組合不同，各有象詞及卦斷。所以靈棋有四上、四中、四下，合計12顆。造棋之法，以霹靂木或棗木、梓木、檀香為材料，周尺一寸二，厚三分。甲子日旋棋子，甲戌日寫字，甲申日刻字，甲午日填朱（砂），甲辰日入櫃，甲寅日致祭。六戊日不佔。大抵用靈棋，講究一個“誠”字。正所謂“不誠不佔”！。
5、佔有儀，祭有文
占：
【迎辭】天清地寧，河圖秉靈。焚香一柱，十方肅清。法鼓三通，萬神咸聽。
【祝文】天地合德，日月合明，四時合序，鬼神合其吉凶，皇天無私，惟德是輔。茲以某年某月日鄉貫姓名某某，謹焚香上啟天地父母、太上元老、日月五星、北斗二十八宿、四時五行、六甲陰陽、明堂歲德、天十二神、地十二祇、歲月日時直事功曹，某蓋為某事，心有所願，意有所疑，沉吟猶豫，請為決之。吉當言吉，得失是非，惟卦是推。恭望聖慈，明彰報應。唵、吽、吽、嚤、呢、噠、哩、吽、吒、敕（三遍）。”
【送詞】向來奉請，即叩靈棋；已沐感孚，今當奉送。願返雲霞之旆，請回霄漢之宮。來時降恩，去時留福；凡有占禱，一如故事。
祭：
【祭文】維某年某月朔某日甲子某郡某縣某官某，致祭於四孟諸神、四仲諸神、四季諸神。上啟天地父母、太上元君、左日、右月、五星北斗、二十八宿、四時五行、六甲陰陽、明堂歲德、天十二神地、十二祇歲、日月時直事功曹曰：天地奠位，人極肇立，爰有卜筮，以祛世惑。維此靈棋，匪蓍匪龜，吉凶孔昭，啟彼隱機，眇予小子，不腆菲德，動靜云為，是依是則。挹彼澗泉，觴豆具儀。我忱既宣，神其格思。尚飧！
【祝辭】天清地寧，龍虎秉靈，六甲六丁，隨吾指令，除邪輔正，出香入置，吾今奉召，速降無停，氣影身形，浦化為塵，敢有拒逆，斬郡雷霆。急急如律令。
——《靈棋經》（正德庚辰1520年榮國重刊本）
《靈棋經》體例之完備，從以上摘引的祝詞祭文中可見一斑。該占祭儀式列於經文卷首，規制瞭然。凡有占卜，需先冠帶焚香，靜坐少頃，寧心定志，而後念“法鼓三通，萬神咸聽”及“恭望聖慈，明彰報應”等迎神詞，方可擲棋問占。收棋時也不可草率，需念“已沐感孚，今當奉送”“來時將恩，去時留福”等送神詞，以示恭敬。另外在占卜之前，靈棋還需要在每年正月初七人日，或是每月初七日，齋戒沐浴，於水邊設酒席果脯，三奠行禮，並祝文祭之。像“天地奠位，人極肇立，爰有卜筮，以祛世惑。維此靈棋，匪蓍匪龜，吉凶孔昭，啟彼隱機，眇予小子，不腆菲德，動靜云為，是依是則。挹彼澗泉，觴豆具儀。我忱既宣，神其格思。”等詞句，顯得文雅而有上古遺風，也足以證明此占歷史之久遠。其嚴格的占儀祭式，成為歷代沿用的程式，人們以此表達對靈棋的虔誠與恭敬，希冀“神以主之”，“靈異大昭”。當然，這類程式中不乏有道教禮儀的規制，也使得靈棋的占卜充滿了更多的神秘色彩。以致今人敬而遠之，則又其遺憾之一。
6.經書之要旨
《四庫全書·提要》說“明初劉基復仿周易傳體作注，以申明其義”，又下論斷說，“青田一注，獨為馴雅，實基所自作。其詞簡義精，誠異乎世之生克制化以為術者矣。”關於全書的要旨，劉基在《靈棋經序》已扼要述及。四庫館臣在《提要》中特為轉引：
“《靈棋》之式，以三為經，四為緯。三，以上為天，中為人，下為地，上為君，中為臣，下為民；四，以一為少陽，三為太陽，二為少陽，四為老陰。少為少偶，老陰與太陽為敵。得偶而悅，得敵而爭。或失其道，偶反為仇；或得其行，而敵反為用。陽多者，道同而助；陰盛者，誌異而乖。”數語足盡茲經之要。
其所引之文與明隆慶年間的《劉文成公文集》所刊《靈棋經序》一字不爽，可知劉基確為此經做序，並得經書之要旨。其文還有一段要義：
《易》之取象，曰車曰馬曰桷曰矢曰鬼曰狐之類，推而達之，天下之物；無不該矣。曰馬矣，而又化為龍；曰水矣，而又以為雲。變《易》之之義也，非通天下之賾不識也。
概括而言，《靈棋》象易而作，要義有三：一是三四之經緯，二是陰陽之體用，三是象義之通變。
7.汪誥考訂，善本傳世
《靈棋經》所傳版本較為完善，均以成化三年（1467）汪誥考訂而梓印的版本為底本。而汪刻本又來自同鄉的楊文定（楊）之手，時間大約在明正統六年（辛酉1441年），后在汪誥得到陳廬山（即元陳師凱，無傳）之本后，參互考訂而付梓。
一是較為通行的四庫本。《四庫全書·子部·術類》所錄二卷本《靈棋經》，底本為天一閣藏本。書前有四庫館臣的《提要》，簡述《靈棋經》之來由，並於《明史·藝文志》中轉引劉基所作序言，以為要旨歸納。前有唐會昌九年（849年）尚書司門員外李遠的敘文。劉基《靈棋經序》則置於書末，另有成化三年（1467）汪誥與正德十年（1515年）郭勛的跋文。
二是流傳日本的明正德庚辰年（1520年）所刻的原本。前有《榮國重刊靈棋經序》、唐李遠《靈棋經序》、明劉基《靈棋經序》，並註明為黃守言刊、黃鑣刻。后除有成化三年（1467）汪誥跋文外，還收錄了弘治五年（1492年）浙江烏程縣南郡徐冕的短跋、正德庚辰（1520）仲冬董天錫的《重刻靈棋經序》。經文內容則與四庫版幾乎相同。其中刻印脈絡十分清晰，明顯比四庫完備。尤其是汪浩跋文，刻有四庫本記為缺字的“辛酉”的“酉”字，足見該版之優勝。
兩相比較，兩版雖均以自成化三年（1467）汪誥考訂而梓印的版本為底本，但此正德原本優於四庫本，當為確論。著名易學家郭彧先生對此已有考證，詳見中國方明易經研究院所刊《靈棋經》一書。